Все крупные реки Северо-востока в нижнем течении судоходны: Колыма - от устья реки Бахапчи (поселок Синегорье), Индигирка - ниже устья реки Момы, а по Яне корабли идут от Верхоянска. Продолжительность навигации на них 110-120 дней. Реки богаты ценными видами рыбы - нельмой, муксуном, сигом, осетром, хариусом и др.

Озера. На низменностях, особенно в низовьях Яны, Индигирки, Алазеи и Колымы, очень много озер и болот. Большинство озерных котловин имеет термокарстовое происхождение. Они связаны с протаиванием многолетней мерзлоты и подземных льдов. Замерзают озера в сентябре - начале октября и долгую зиму покрыты мощным льдом (до 2-3 м), что приводит к частому образованию заморов и гибели ихтиофауны. Таяние льдов происходит в мае и в начале июня, а плавучие льды на крупных озерах бывают и в июле.

Почвы, растительность и животный мир

Разнообразие физико-географических условий (горный и равнинный рельеф, низкая температура воздуха и почв, различное количество осадков, небольшая мощность деятельного слоя, избыточная увлажненность) способствуют формированию пестрого почвенного покрова. Суровые климатические условия и многолетняя мерзлота задерживают развитие процессов химического и биологического выветривания, и поэтому почвообразование происходит медленно. Почвенный профиль маломощный (10-30 см), хрящеватый, с небольшим содержанием гумуса, заторфованный и увлажненный. На низменностях распространены тундрово-глеевые, перегнойно-торфяно-болотные и глеево-таежные мерзлотные почвы. На поймах речных долин развиты пойменные перегнойно-дерновые, мерзлотно-глеевые или мерзлотно-болотные почвы. В поймах тундровых рек многолетняя мерзлота залегает на незначительной глубине, иногда в береговых обрывах выступают слои льда. Почвенный покров развит слабо.

В горах под лесами преобладают горные подбуры, распространены также таежные мерзлотные почвы, среди которых на пологих склонах встречаются, глеево-таежные мерзлотные. На южных склонах распространены мерзлотно-таежные с незначительным оподзоливанием. В горах Охотского побережья господствуют горные подзолистые почвы. В горных тундрах образуются малоразвитые грубоскелетные горно-тундровые почвы, переходящие в каменистые россыпи.

Растительность Северо-Востока Сибири состоит из представителей трех флор: охотско-камчатской, восточно-сибирской и чукотской. Наиболее разнообразна по видовому составу охотско-камчатская флора, занимающая побережье Охотского моря. Большая часть гор покрыта северотаежными редкостойными лесами и горной тундрой. Низменности заняты тундрами, переходящими в лесотундру.

История развития Северо-востока и прилегающих территорий (древние суши Берингия, Охотия и Эоарктическая, соединявшие Северо-Восток с Аляской), а также климат предопределили современный облик растительного покрова тундры, лесотундры и тайги, поэтому по видовому составу они отличаются от аналогичных зон соседних территорий Сибири.

На крайнем севере, на приморской низменности, расположена тундра. Для нее не типичны лишайниковые тундры, так как глинистые грунты сильно переувлажнены и преобладают болотно-торфяные и торфяно-глеевые почвы. Здесь господствует кочкарно-гипново-сфагновая тундра. Поверхность ее образована плотными кочками пушицы. Высота травостоя до 30-50 см. Кочкарная тундра занимает примерно 30-50% площади тундровых группировок. Неравномерное оттаивание и замерзание грунта приводит к деформации почвы, разрыву грунта и образованию вокруг кочек голых пятен (диаметром 0,5-1 м), в трещинах которых ютятся мхи, лишайники, камнеломки, ползучая полярная ива.

Южнее идет полоса лесотундры. Она образована кустарниками ольхи, ивы, березы, которые чередуются с кочками пушицы и с отдельными экземплярами угнетенной лиственницы Каяндера.

Вся остальная территория равнин и нижних частей гор покрыта лиственничными лесами на глеево-таежных мерзотных почвах и горных таежных подбурах. Основной лесообразующей древесной породой является лиственница Каяндера. Из лиственных пород в пойменных лесах встречаются тополь душистый и реликтовая корейская ива чозения. Сосна и ель распространены только на южных склонах гор Верхоянского хребта и поднимаются в горы лишь до высоты 500 м.

В подлеске лиственничных лесов распространены кедровый стланик, кустарниковая ольха, синяя смородина, или дикуша, заросли березок - Миддендорфа и тощей; наземный покров состоит из кустарничков брусники, вороники и лишайников. На северных склонах лишайников мало, там господствуют мхи. Наиболее высокие лиственничные леса растут на склонах южной экспозиции. На склонах северной экспозиции распространена преимущественно лесотундра.

На склонах южной экспозиции долин и высоких террас сохранились степные участки. Они известны в широких долинах Яны (между устьями ее притоков Дулгалаха и Адычи), Индигирки (в приустьевых частях Момы и др.) и Колымы, а также в Чукотской тундре. Растительность степей на склонах состоит из степной осочки, мятлика, типца, пырея, из разнотравья - вероники, лапчатки. Под степями сформировались маломощные щебнистые почвы, близкие к каштановым. На надпойменных террасах встречаются степи злаково-разнотравные, развивающиеся на дренированных участках, и осоково-злаково-разнотравные, находящиеся в наиболее пониженных местах. Среди степной растительности различают местные виды, генетически связанные преимущественно с растительностью горных районов Южной и Средней Сибири, другие виды пришли по долинам рек из Центральной Азии в теплый межледниковый период, и виды, сохранившиеся от «тундростепного» прошлого Берингийского Севера.